اصول فوق در كل اصول قابل قبول و نوعا در شرايط متفاوت مىتوانند كمك كنند ، تصميمات پزشكى باشند ولى در شرايط مشكل با اتكاء تنها بر اين اصول نمىتوانيم راهكارى در مباحث اخلاق پزشكى بيابيم . بطور مثال در ارتباط با اتونومى يا خودمختارى آنچه در اسلام مورد قبول است نه خودمختارى و نه خودمحورى و نه آزادى فردى بىقيدوشرط بلكه « اختيار فردى » است آن هم با پيش‌شرطها و شرايط خاص خود . اسلام شاخص اختيار انسان را بسيار مورد تاكيد قرار داده است . از ديدگاه قرآن انسان مسئول است چون مختار است و تحت تعليم معلمان الهى قرار مىگيرد ، چون مختار است . يكى ديگر از نكات تعارض ديدگاه‌هاى فلسفى مختلف « وسعت حقوق فرد » است . در اسلام خداوند انسان را داراى بالاترين شان و داراى وسيع‌ترين حوزه حقوقى آفريده است . در برخى از ديدگاه‌هاى فلسفى به علت عدم توجه به شان واقعى انسان ، شئونات كوتاه‌مدت او ملاك عمل قرار مىگيرند و شئونات درازمدت او فدا مىگردند . بر اين اساس است كه بعنوان مثال در برخى جوامع اتانازى جايز است ولى در فرهنگ اسلامى كه تمام موجوديت انسان را جسم او نمىدانند ، انسان ( كه داراى روح الهى است و جسم نزد او امانت است ) به صرف خودمختارى مجاز به صدمه زدن به خود نمىباشد . يكى از مهمترين پيش‌شرط هاى اختيار فرد در اسلام « معرفت » است . « رضايت آگاهانه » كه لازمه اصلى براى حفظ اتونومى شمرده مىشود جز با معرفت و شناخت واقعى انسان و غايت او بىمعنى خواهد بود . مساله ديگر « حوزه اختيار فرد » است . اختيار هر فرد محدود به فضاى حقوق خود اوست و لذا تعارض يا تقابل با حقوق جامعه و اطرافيان قابل قبول نيست . مثال بارز اين مساله « سقط جنين » مىباشد كه اسلام به هيچ وجه سقط جنين را ( بجز در شرايط خاص ) به صرف